学院实行联合管理委员会领导下的院长负责制，联合管理委员会中方成员5名，由上海大学校领导、学校有关行政部门领导及学院主要负责人组成；澳方成员4名，由悉尼科技大学校领导、商学院院长、Insearch学院负责人等组成。联合管理委员会每年召开1—2次，决定学院办学方向，发展规划，制定和修改章程，审核学院财务运作，对学院重大战略做出决策。学院院长执行联合管理委员会的各项决议，并具体负责学院的日常运行。

中方行政领导由联合管理委员会提名，经上海大学党委正式任命。学院日常行政事务由院长主持。学院下设8个行政办公室和5个系，从事日常行政管理和教学活动。

学院议事决策体制由学院党政联席会议、院务会议和院务扩大会议三级组成，在把握办学方向、处理重大事宜和日常行政管理中重视民主决策和科学决策，并使之制度化和透明化。在教学和科研等专项事务决策中，学术委员会及相关的工作领导小组都有各自的决策权。